WAMPserver – por que a pilha está instalada com 2 arquivos php.ini?

Eu sou programador iniciante, e estou aprendendo a programar um aplicativo da web usando o WampServer. Recentemente, tentei modificar a configuração de codificação interna no arquivo php.ini e descobri que existem 2 ou mais. Um está em wamp\bin\php\php5.3.0 e o outro está em wamp\bin\apache\Apache2.2.11\bin . Acontece que o segundo é o que governa o comportamento do php quando executo meu programa.

Então, por que há dois desses arquivos e qual é a respectiva function?

Obrigado,

JDelage